2017年的夏天，比以往热得更猛一些。在这高温天气里，LncRNA研究也是“火热异常”，不同档次的研究杂志发个不停！来杯加冰可乐，切个冰镇西瓜，和小编一同感受最新lncRNA文章的热度吧。
文献案例1: 小鼠肝脏富集lnc-LFAR1通过激活TGFβ和Notch通路促进肝纤维化发生
(The liver-enriched lnc-LFAR1 promotes liver fibrosis by activating TGFβ and Notch pathways)
期刊名：Nature Communications      发表时间： 2017年7月    影响因子： 12.124
研究背景: 肝纤维化是一种肝脏内细胞间质（ECM）成分的病理性积累过程，可由持续性肝损伤导致，重要原因是肝星状细胞（HSCs）的激活促进了ECM蛋白的合成，以及损伤引起的肝实质细胞（HCs）的细胞凋亡，因此失活和抑制这些过程便成为肝纤维化的治疗策略。
科学问题: LncRNA在肝纤维化过程中是否具有生物学功能？是如何起作用的？
实验材料:
        实验所用细胞株
        采用非致瘤的小鼠HC细胞系AML12和HEK293T细胞。
        小鼠模型
        肝纤维化小鼠模型采用Balb/c雄性小鼠进行，具体方法如下图：

HSCs和HCs的分离和培养

高通量测序测定

研究结果：
肝纤维化小鼠模型lncRNA表达谱分析

        文章首先通过组织染色及免疫组化技术，确定了肝纤维化小鼠模型诱导方法可行。然后对CCl4处理和不处理的 Balb/c小鼠进行基因芯片测定，聚类分析发现，lncRNA的表达确实存在明显的差别（图1-d）。
目标lncRNA — lnc-LFAR1的锁定
        如何对获得的大量表达差异基因进行筛选，直接关系到后续研究方向与实验成败，也一直是研究人员头疼和纠结的地方。本文作者首先通过基因芯片结果选取lncRNA表达量变化及与mRNA共表达网络选取了10个lncRNA，RT-PCR验证了NONMMUT013861等10个lncRNA表达变化与芯片结果相符（图1-e）。之后研究者有目的的寻找能够在肝脏组织中富集表达的lncRNA，并且在细胞质和细胞核中都表达。最终幸运的从这10个lncRNA中锁定了lnc-LFAR1（图2）。
Lnc-LFAR1调控HSCs中的ECM基因表达
        在确定了后续研究围绕lnc-LFAR1展开后，研究者展开了一系列探讨lnc-LFAR1生物学功能实验。通过RACE实验获得lnc-LFAR1全长，利用AML12细胞内的瞬时转化实验证明它唯一的外显子不具有编码蛋白能力，同时检测了肝纤维化过程中lnc-LFAR1的表达情况。那么lnc-LFAR1在HSCs的活化过程中有起了什么作用呢?于是研究者在初级HSCs中敲降了lnc-LFAR1，之后利用高通量测序技术进行了RNA-seq测定，分析mRNA的变化情况，寻找可能的靶基因（图3）。

        通过差异表达基因、GO和KEGG分析后发现在HSCs中敲降lnc-LFAR1后同样使得TGFβ诱导上调的纤维化相关基因表达急剧减少。
Lnc-LFAR1 沉默抑制CCl4和BDL诱导的小鼠肝纤维化

        研究人员再次在CCl4和BDL诱导的小鼠中沉默Lnc-LFAR1，然后用基因芯片检测了mRNA的表达变化情况（图4）。同样的对差异表达基因、GO和KEGG分析后发现Lnc-LFAR1沉默影响了TGFβ受体信号途径相关基因的表达。
后续机制研究
        研究者随后通过实验进一步证明了TGFβ下游的Smad2/3，可以通过直接与lnc-LFAR1启动子区结合来增强它的表达。同时，lnc-LFAR1又可以促进Smad2/3的表达和磷酸化。研究者还检测了其他可能的信号途径，发现lnc-LFAR1 还可以通过激活Notch 途径来促进肝纤维化。最终研究者提出了一个模型，解释了可能的调控机制（图5）。
  文章点评：
        本研究在结构上还是比较系统完整的，无论是从前期关键lncRNA分子的筛选，到后期各种细胞和小鼠肝纤维模型实验，再到如何与下游关键因子相互作用的分子机制研究，实验相互印证，环环相扣，不失为lncRNA研究中的上乘之作。
 
文献案例2:蛛网膜下腔出血早期大脑损伤下的高通量测序及lncRNAs和mRNAs共表达网络分析
(High-Throughput Sequencing and Co-Expression Network Analysis of lncRNAs and mRNAs in Early Brain Injury Following Experimental Subarachnoid Haemorrhage)
期刊名：Scientific Reports      发表时间： 2017年4月    影响因子： 4.259
研究背景: 蛛网膜下腔出血（SAH）是脑动脉瘤破裂后致命的神经血管疾病，其发病率和死亡率都较高。LncRNAs可以在哺乳动物大脑中大量表达，参与调控了很多神经系统疾病的发生。然而，目前很少有关于lncRNA在蛛网膜下腔出血的早期脑损伤的（EBI）影响报道。本研究目的就是通过高通量测序技术寻找两者之间的关系。
实验材料:
动物材料
成年雄性C57BL / 6J小鼠（8 - 12周）。
RNA-seq材料及流程

研究结果：
小鼠SAH诱导模型及RNA-seq质控
lncRNAs 和 mRNAs差异表达情况

           以上的结果都是常见的分析内容，通过对SAH和对照组的RNA-seq结果分析，发现了一些变化的候选lncRNA和mRNA。结合前人报道，本文选择了lncRNA fantom3_F730004F19进行后续实验，包括利用RNA FISH染色，检测它的亚细胞定位、RT-PCR验证RNA-seq结果。之后在BV-2细胞中敲降lncRNA fantom3_F730004F19导致CD14和 TLR4表达降低，探讨了它减弱炎症细胞的潜在功能。
文章点评：
        本研究较为系统的展示了SAH诱导的RNA-seq结果，但是基于后续lncRNA的功能实验较少，没有过多涉及到分子机制研究，因此较第一篇文章就稍逊一筹。
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