细胞株鉴定,U do it 吗?
许多生物相关研究都使用细胞,但是细胞系污染和错误鉴定一直是一个普遍存在的问题,据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识。因此NIH、ATCC等权威机构强烈建议在使用培养细胞的时候进行鉴定,旨在约束因细胞交叉污染和错误辨识所导致的无效科研数据的不断扩增。目前很多杂志也越来越重视细胞株鉴定,2014年12月、2015年2月Science杂志分别发表文章专题阐述细胞交叉污染和错误辨识的严重性,2015年4月Nature通知旗下所有杂志将要求作者鉴定论文中所用细胞系。
2016年中科院昆明细胞库检查出错误鉴定和交叉污染的细胞
Cell Biology. Fixing problems with cell lines. Science, 2014 Dec 19;346(6216):1452-3.
Announcement: Time to tackle cells’mistaken identity. Nature,2015. 520(7547): p. 264-264
STR广泛存在于人类及哺乳动物的基因组中,具有高度多态性,它们一般由2-6个碱基构成一个核心序列,核心序列串联重复排列,由核心序列重复数目的变化产生长度多态性。其多态性主要源自核心序列重复次数在个体间的差异,因此利用STR可以有效进行细胞鉴定,可根据所得的STR分型结果与专业的细胞STR数据库比对从而推算出样品所属的细胞系或可能的交叉污染的细胞系名称。大量研究表明STR基因分型方法是进行细胞交叉污染和性质鉴定的最有效和准确的方法之一,STR基因分型应用于细胞鉴定已被ATCC等机构强烈推荐。美国的ATCC细胞库,德国的DSMZ细胞库以及日本的JCRB细胞库等为STR分型提供了各种细胞株的数据供比对。
细胞株鉴定应用领域
1. 课题基金申请和高质量文章发表
2. 一个细胞实验项目开始/结束
3. 新获得的细胞或实验室传5代以上的细胞
4. 细胞系实验结果与预期有较大差别
5. 使用细胞系进行生物制药研究
6. 准备冻存保种或已冻存保种多年的细胞
天昊生物人源细胞鉴定位点信息
样品要求
基因组DNA:
a) 样品需求量:总量≥400 ng;浓度≥20ng/μl;
b) 样品纯度:OD260/280 =1.8~2.0;
c) 样品无明显降解;
细胞样本:
a) 细胞数≥106 cells;
b) 低温运输保存;
c) 样品无明显降解;
实验流程
a) 获得需鉴定的细胞系;
b) 样品DNA抽提与质检;
c) STR位点荧光引物PCR扩增;
d) 3730XL毛细管电泳仪电泳,得到细胞基因STR位点分型数据;
e) 将得到的数据分析后与细胞数据库对比
结果提供
a) 项目报告:包括实验过程及涉及的分型胶电泳图与说明,STR分型结果,基因型信息,细胞株鉴定分析分析结果等。
b) 原始数据及客户所需的其它资料。
结果展示
3730XL毛细管电泳仪电泳,得到细胞基因STR位点分型数据
将得到的数据分析后与细胞数据库对比
以上细胞为例,100%匹配的共有3例
天昊生物细胞株鉴定近期发表文章:
*******************************************************************************************
1. Feedback activation of leukemia inhibitory factor receptor limits response to histone deacetylase inhibitors in breast cancer. Cancer Cell. 2016 Sep 12;30(3):459-73.(IF= 23.214 )
2. c-Myc alteration determines the therapeutic response to FGFR inhibitors.Clinical Cancer Research. 2016 Jul 11. (IF= 8.738)
3. JX06 selectively inhibits pyruvate dehydrogenase kinase PDK1 by a covalent cysteine modification. Cancer research. 2015 Nov 15;75(22):4923-36. (IF= 8.556)
4. The Marine-Derived Oligosaccharide Sulfate MS80, a Novel Transforming Growth Factor b1 Inhibitor, Reverses Epithelial Mesenchymal Transition Induced by Transforming Growth Factor-b1 and Suppresses Tumor Metastasis. Journal of pharmacology and experimental therapeutics. 2016 Oct;359(1):54-61. (IF= 3.76)
5. Triptolide Induces Cell Killing in Multidrug-Resistant Tumor Cells via CDK7/RPB1 Rather than XPB or p44. Molecular cancer therapeutics. 2016 Jul;15(7):1495-503. (IF= 5.58)