最近几年微生物多样性研究经成为国内外研究的热点，各种领域，各种疾病都与微生物有联系，因此近几年微生物文章出现井喷式的增长，文章档次也参差不齐，那么如何才能发一篇自己满意，别人认同的好文章呢，小编不才在这里给大家几点小的建议。
   
        无论做什么研究，立题新颖是发好paper的基础，这一点在微生物研究发面更是绝对的真理，这是为什么呢？因为微生物多样性文章是有套路可言的，不信请看下方：
           上面就是目前微生物多样性研究两种主流技术的研究策略，从这两张图上我们可以看出最基础的一环就是“设置样本组合”，如果您设置的样本组合是别人没做过的那恭喜您抢得先机了，即使是简单的Case/Control，也能发不错的文章，不信请看下面：
         但是现实中很多疾病已经有Case/Control微生物研究论文发表了，怎么办？那也别急，我们建议您从其它方面考虑，例如，病人的不同部位样本、病人和健康人不同部位样本、病人和健康人不同时期样本、病人和健康人不同年龄段同一部位样本、治疗和不治疗的不同部位样本、治疗前后的同一部位样本、不同患病程度的样本等等，还是不清楚，我们用下表说话！看完后是不是对自己的实验设计有所启发呢？
   
        如果没有上述那么多样本组合可以利用，立足于Case/Control还是可以做其它选择的，例如不用粪便，而改用组织样本；不仅做细菌群落结构分析，同时还做真菌群落结构鉴定等，还是不清楚，我们用下表说话！看看自闭症微生物多样性的研究历程，同样是Case/Control，怎么能发五篇不同的文章，而且文章分数越来越高！
  样本筛选要严格
 
?       在进行疾病微生物研究时，要注意严格筛选受试者，这是为什么呢？因为无论是疾病组还是健康对照组，组内个体间的微生物组成差异大，为了防止因为样本筛选不严格造成的额外影响，就需要严格按照标准去筛选典型的健康人群和典型的病例人群，这样在后期无论进行群落结构分析还是Beta多样性分析时就不会出现很乱的结果。
?       另外在进行某种疾病肠道微生物研究时，需要把携带并发症的个体去除掉，因为有些并发症会严重影响肠道微生物，从而对病例组整体微生物群落结构造成影响。下面举个例子，看看结直肠癌微生物研究的筛选标准怎么做的。
健康组：正常的个体志愿者作为对照，所有志愿者无特殊饮食习惯，年龄在20-60岁之间。志愿者的健康状况由自我报告和结肠镜检查来判断。志愿者均无胃肠道疾病史，无肝、胆、膜腺等消化系统疾病史，无手术史而且在样本采集3个月前没有服用抗生素。
病例组：志愿者要接受问卷调查，调查内容包括年龄、性别、遗传、饮食、药物治疗情况等。患者排除标准为：标本收集前3个月使用过各种抗生素或益生菌；有２年以上醜酒史的；具有代谢性疾病，如肥胖症、糖尿病、结石、各种肝病等；具有家族聚集性的。
其他标准：Case/Control性别比例均衡；年龄阶段尽可能一致，没有吸烟、饮食不均衡等不良习惯，严格控制这些外在因素对后期微生物分析的影响。
 
组内样本数要足够
 
       在进行疾病微生物研究时，无论是群落结构柱状图分析还是PCA/ PCoA/NMDS分析时，健康组和病例组总有一些样本和组内整体趋势差异很大，这些样本在后期可能会被去掉，但是考虑到统计分析效果，所以组内样本数不宜过少，所以每组生物学重复建议最少30个个体，数量越多越好。下面我们看看好文章采用的组内生物学重复数目是多少。
  样本信息收集要详尽
 
        在按部就班完成Alpha多样性分析、群落组成分析、Beta多样性分析、差异物种分析之后，微生物文章的基本框架搭建完毕，但是如果想发一篇高影响因子的微生物文章这些还不够，还需要进一步揭示临床指标和微生物群落之间的关系，只有通过这种分析，才能把微生物和疾病真正联系起来，而不是简简单单看看Case/Control之间的群落结构差异，因此这就需要在收集样本时尽可能收集详细的临床指标信息，从而为后期的临床指标和微生物相关性分析做好铺垫，下面我们就看几个案例，看完下表是不是一目了然了呢。
   
样本要备好
 
       在按部就班完成Alpha多样性分析、群落组成分析、Beta多样性分析、差异物种分析、临床指标和微生物相关性分析之后，如果还想让文章更丰满更高大上一些，可以再后面添加宏基因组、宏转录组、代谢组等实验，这就需要在采集样本的时候充分考虑到后续实验的延续性，备好用于各种后续实验的样本。

 
 
       本期小编在此归纳的几点因素，希望对您的微生物多样性科学研究有所帮助，如果您在课题设计，微生物取样，报告解读，思路归纳方面有什么问题，欢迎和天昊生物联系！