但是,近几年的RNA修饰研究数据爆炸性增长,而m6A仅仅是RNA多达100多种修饰中的一种,因此任间教授课题组对m6AVar数据库迅速进行了升级,更新版数据库文章见刊2021年1月的核酸研究期刊:
Xiaotong Luo, Huiqin Li, Jiaqi Liang, Qi Zhao, Yubin Xie, Jian Ren, Zhixiang Zuo, RMVar: an updated database of functional variants involved in RNA modifications, Nucleic Acids Research, Volume 49, Issue D1, 8 January 2021, Pages D1405–D1412, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa811
RMVar数据库网址:
http://rmvar.renlab.org/index.html
数据库主页:
数据库的摘要信息:
将少数与疾病相关的变异从大量的基因组变异中区分出来是一项重大挑战。影响RNA修饰的基因组变异在RNA代谢的许多方面发挥着关键作用,这些变异也与癌症等许多人类疾病有关。评估基因变异对RNA修饰的影响将为理解人类疾病的致病机制提供一个新的视角。课题组前期开发了一个名为 "m6AVar "的数据库,主要收录与m6A相关的变异。为了纳入所有的RNA修饰(RM)相关的变体,课题组推出了一个更新版本的----RMVar(http://rmvar.renlab.org)。在这次更新中,RMVar包含了9种RNA修饰的1 678 126个RM相关变异,即m6A、m6Am、m1A、假尿苷、m5C、m5U、2′-O-Me、A-to-I和m7G,(仍然包括三个置信度)。此外,还整合了RBP结合区、miRNA靶点、剪接事件和circRNAs,以协助研究RM相关变异对转录后调控的影响。此外,新数据库还整合了ClinVar和其他全基因组关联研究(GWAS)中与疾病相关的信息,以研究RM相关变异与疾病之间的关系。
RMVar的整体设计和构建:
三种置信度数据的具体定义:
创新基因科技,成就科学梦想
微信扫一扫
关注该公众号