【昊工具】RNA m6A甲基化修饰相关数据库，都是干货！

原创上海天昊生物

RNA的m6A修饰研究，价格不菲，关键样品的损耗量也大。如何能在做实验前做点数据挖掘工作，少走点弯路呢？今天，小编为大家介绍几款RNA m6A

● 网址：http://m6avar.renlab.org
●  开发团队：中山大学超级计算机学院的任间教授
●  参考文献：Zheng YY, Nie P, Peng D, He ZH, Liu MN, Xie YB, Miao YY, Zuo ZX* and Ren J*. m6AVar: a database of functional variants involved in m6A modification.Nucleic Acids Research. 2018; 46(D1): D139-145.
●  功能： m6Avar数据库注释了414,241个 m6A相关变异位点，包括dbSNP 来源的352,014 m6A-associated germline mutations和TCGA来源的 62,227 m6A-associated somatic mutations. 详细介绍请点击链接：【昊工具】m6AVar数据库：又一个热点，前沿的宝藏数据库；甲基化研究常用（而且打得开）的数据库，请果断收藏！

●  网址：http://www.xjtlu.edu.cn/biologicalsciences/atlas
●  开发团队：西交利物浦大学孟佳教授团队
●  参考文献：Tang Y, Chen K, Song B, Ma J, Wu X, Xu Q, Wei Z, Su J, Liu G, Rong R, Lu Z, de Magalhães JP, Rigden DJ, Meng J. m6A-Atlas: a comprehensive knowledgebase for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome. Nucleic Acids Res. 2020 Aug 21:gkaa692. doi: 10.1093/nar/gkaa692. Epub ahead of print. PMID: 32821938.
●  数据库功能：N6-甲基腺苷（n6-methyladenosine，m6A）是目前mRNA和lncRNA上最普遍的RNA修饰，在各种生物过程和疾病发病过程中起着举足轻重的作用。m6A-Atlas是一个全面高可信度数据库，用于解读m6A表观遗传组。(1)收集了从7种碱基分辨率技术中鉴定的442162个高置信度m6A位点，并从1363个高通量测序样本中估算出定量(而非二元)的表转录组谱。(2)收录人、小鼠、黑猩猩等7种脊椎动物m6A位点情况，以及HIV、KSHV、DENV等10种病毒的m6A图谱情况。(3)由表观转录组数据预测各个m6A位点的生物学功能，以及由疾病相关的基因突变推断m6A位点的潜在发病机理。(4)对m6A位点进行转录后机制注释(RBP结合、microRNA相互作用和剪接位点)，同时提供多种RNA修饰的图谱数据。

数据库主页搜索功能：

让我们搜索MTHFR基因作为示例：

MTHFR基因有7个m6A修饰位点，每个位点的注释信息包括了基因组位置，基因位置，来源文章ID，检测技术，细胞系/组织，是否有对应SNP编号，是否处于RNA结合蛋白结合区，是否处于剪切区域，是否属于GWAS位点，是否存储于突变数据库等。

搜索位点的统计情况（技术类型占比和样本类型占比）

点击某个m6A位点查看细节：

a：基因基本信息

b：甲基化水平（这里显示了所有样本的甲基化修饰水平，可以在红框内选样本类型，绿框内选择处理方法）

c:基因表达数据

d：位点保守性情况

e：位点附近的其他RNA修饰情况和转录后调控信息

f:位点注释信息（RBP信息，转录因子结合信息，染色质可接近信息等）

g：GO功能信息

数据库主页工具：

（小编发现这个模块也很好用）

（1）可以用来分析自己数据中的m6A位点保守性情况

（2）在线进行差异m6A图谱分析

●  网址：http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/
●  开发团队：中山大学生命科学学院屈良鹄教授团队
●  参考文献：RMBase v2.0: Deciphering the Map of RNA Modifications from Epitranscriptome Sequencing Data. Jia-Jia Xuan, Wen-Ju Sun, Ke-Ren Zhou, Shun Liu, Peng-Hui Lin, Ling-Ling Zheng, Liang-Hu Qu*, Jian-Hua Yang*.
●  数据库功能：RMBase v2.0整合了大量的表观转录组测序数据，探索RNA的转录后修饰，以及它们与microRNA结合、疾病相关SNPs和RNA结合蛋白（RBP）的关系。RMBase v2.0扩展了566个数据集，包括来自47项研究13个物种的1 397 244个修饰位点，比上一版本扩展了约10倍。它包含约1 373 000个N6-甲基腺苷(m6A)修饰位点信息、5 400个N1-甲基腺苷(m1A) 修饰位点信息、9 600个假尿苷(Ψ) 修饰位点信息、1 000个5-甲基胞嘧啶(m5C) 修饰位点信息、5 100个2′-O-甲基化(2′-O-Me)和约2 800个其他100种类型的修饰。

数据库主页：

搜索m6A位点：列表形式搜索

搜索m6A相关突变或者多态：

搜索RNA结合蛋白的结合位点：

以上数据库都可进行原始数据下载，进行组学研究更方便，

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