别愁文章啦！做个无参转录组测序+SSR标记开发，发篇6分文章不香吗？

原创上海天昊生物

愁死了！

自己研究的物种材料太小众，参考基因组信息也不全，分子生物学分析也无从下手，怎样才能投入低、产出高，发篇好文章？

转录组测序+ SSR标记开发鉴定，这个思路就能满足您的要求。

今天跟大家分享一篇近期发表的经典范例。

题目：Transcriptome landscaping for gene mining and SSR marker development in Coriander (Coriandrum sativum L.)
通过转录组测序对芫荽进行基因挖掘和SSR标记开发
发表期刊：Genomics.
发表时间：2020-5
影响因子：6.205

研究摘要

芫荽(俗称香菜，芫荽属)，是一种芳香类草本植物，广泛用作香料，具有很大的药用价值。尽管具有很高的药用和经济价值，但缺乏关于它的基因组相关信息以及基于表达序列的基因标记。在这项研究中，作者对芫荽的种子、叶子和花的转录组进行测序，并且进行了基因挖掘和SSR标记的开发及鉴定。结果共鉴定出包含相应位点的9746个SSR，鉴定出最丰富的SSR类型是二核苷酸重复基序(45.5%)，其次是三核苷酸重复基序(34.6%)、四核苷酸重复基序(4.5%)、五核苷酸重复基序(1.5%)和六核苷酸重复基序(1%)。利用生物信息学方法共设计了3795对引物，其中随机选择了120个引物在印度栽培的14份芫荽材料中进行实验验证。本研究提供了芫荽的初步转录组数据和SSR分子标记，可用于该物种将来的分子育种和遗传多样性评估。

研究方法

将芫荽品种“Gujarat Coriander -2” (GC-2)种子播种后30、50和70天收集叶、花和种子样品。收集的样品通过浸入液氮立即冷冻，并在80℃保存待用。随后提取RNA，反转后用Poly (A)富集法建库，进行转录组测序。测序数据在进行质控和组装之后，对unigene进行功能和分类分析，之后利用MIcroSAtellite (MISA)工具进行SSR标记的识别鉴定，并用Primer 3.0进行引物设计。最后挑选部分EST-SSR进行验证、多态性评估、聚类分析以及RT-qPCR验证。

研究结果展示

表1、qPCR引物列表

图1、Unigene的GO功能分类

图2、Unigene的KEGG通路分析

表2、参与萜类生物合成的候选基因的转录丰度表

表3、转录组鉴定的SSR的详细参数统计

图3、转录组数据集中鉴定的SSR频率分布

表4、14份芫荽材料的多态性位点特征统计表

图4、基于SSR标记的芫荽资源遗传多样性分析。谱系图显示了14份印度芫荽材料之间的遗传关系。

图5、基因表达的RT-qPCR分析与RNA-Seq数据的比较。

结论

这是首次报道芫荽的转录组相关研究。在这项工作中，通过转录组测序鉴定的基因和开发的EST-SSR是对芫荽主要基因组资源的重要补充，并将使芫荽基因组的注释成为可能。这也将有助于鉴定负责芫荽重要经济性状的新基因，此外，本研究还成功设计了3795个位点的引物对，为进一步研究提供了资源库。利用部分有效引物对14份芫荽材料进行了遗传多样性分析。本研究鉴定的SSR标记将为芫荽遗传多样性分析、连锁图谱构建和基因定位提供宝贵资源。

关于天昊

天昊生物具有丰富的无参转录组测序分析和SSR检测经验，我们致力于为研究者提供“一站式”高质量的科研策略咨询、实验技术服务和遗传数据分析服务，期待成为大家科研工作中的“昊”助手与“昊”伙伴。欢迎联系我们具体咨询！

电话：18964693703（微信同号）

公司网址：www.geneskybiotech.com

邮箱：techsupport@geneskies.com

往期文章链接：

转录组学：

PNAS | 代谢组+转录组揭示生物脱水胁迫耐受性的关键分子机制；

转录组Plus | 基因组+转录组除了分析eQTLs，sQTLs也别漏下；

转录组Plus | 2020年9月研究进展（一）：蒙古人肝癌、胰腺癌、果实发育、猪基因组印记等；

转录组Plus | 2020年8月研究进展（一）：心脏器官发生、痴呆、哮喘、家蚕氟暴露、水稻病毒响应及苹果采后保鲜；

转录组Plus | 2020年7月研究进展（二）：阿尔茨海默症、胶质母细胞瘤、COVID-19、牛酮症、玉米耐低温等；