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2014年韩国研究团队构建了TRRUST数据库，目前已经更新到第二版本。该数据库基于MeSH词汇检索和文本挖掘以及后期的人工校对，确保了纳入数据库的TF-靶基因对都是经过实验验证的。第二版本数据库的原文发表于核酸研究杂志：TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions. Nucleic Acids Research 26 Oct, 2017 。目前，数据库包含了针对800种人转录因子、828种小鼠转录因子的8444个调控关系对和6552个调控关系对。

 

图：基于语句文本挖掘从已发表文章中挖掘小鼠TF-target调控相互作用的工作流程。

 

• 可查询转录因子的下游靶基因

• 可查询转录因子的转录因子

• 可查询转录因子相关的疾病/通路

• 可查询一个基因列表的关键调控转录因子

• 原始数据均可下载，用于生信挖掘

结果：
1 、转录因子的靶基因（可看到调控类型是抑制还是激活）

2、 靶基因的功能网络图

3、调控BRCA1的转录因子

4、调控BRCA1的TF的蛋白互作图

5、其它和BRCA1同靶点的TF

6、BRCA1相关的疾病/kegg通路/GO通路

B 查询一个基因列表的关键调控TF(以ESR1敲除后的差异表达基因列表为例)

结果：提示ESR1为最可能的关键调控TF

C 数据下载
 

TF-靶基因调控数据库被广泛用于其它生信数据库开发，例如2018年发表的RNA-Seq数据挖掘工具（Ge SX, Son EW, Yao R. iDEP: an integrated web application for differential expression and pathway analysis of RNA-Seq data. BMC Bioinformatics. 2018 Dec 19;19(1):534. doi: 10.1186/s12859-018-2486-6. PMID: 30567491; PMCID: PMC6299935.），就调用了TRRUST数据库的原始数据。

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