摘要： SSR和SNP分子标记比较
 
        今天小编给大家分享一篇2017年8月16在Heredity（IF=3.961）上发表的文章，研究人员通过比较SSR和SNP两种分子标记在真菌群体遗传多样性分析中的结果，发现SSR和SNP这两种分子标记在种群遗传结构研究中各有优势！在您的研究中，或许SSR和SNP检测也要两手抓，两手都要硬！

研究背景: 在过去的几年中，简单重复序列（SSR，也被称为微卫星）和单核苷酸多态性（SNPs）已成为用于研究生物群体中的遗传变异最常用的分子标记。然而，只有少量研究比较了这两种分子标记在野生种群遗传结构中的不同，而且没有针对真菌研究的相关报道。
科学问题: （1）本实验开发的两组分子标记是否足以描绘种群遗传结构？（2）SNP和SSR标记在种群的遗传分化和遗传结构方面是否能够得到相似结果？（3）如果存在差异，产生的原因可能是什么？
实验目的：本文研究人员评估了SSR和SNP对蜜环菌（Armillaria cepistipes）在不同的空间尺度种群遗传结构中的作用。
实验材料: 研究人员分别在乌克兰喀尔巴阡山脉较小区域（150 km²）和瑞士阿尔卑斯山地区较大区域（41000 km²）共收集407个样本（图1）。
   
实验结果:
1、SSR和SNP分子标记筛选
        从24个单拷贝蛋白编码基因中选择131个SNP位点，进行全部样本的检测。结果在78%样本中成功得到117个位点（89%）的扩增结果。其中，31个用于后期基因分型检测，其中在所有样本及之后的32个样本重复中得到97%成功率，等位基因读取差别<1%，所有31个SNP位点是二等位，其中29个的最小等位基因频率（MAF）在5%以上。
        根据之前的文章报道，从基因组草图中发现281个SSR位点，筛选出17个多态性SSR位点用于后续基因分型，其最常见等位基因多态性频率低于95%，
2、遗传多样性分析
        用17个SSR对407个样品进行的基因分型发现，359个样品显示出等位基因的特殊组合，而只有278个样品存在SNP多等位基因型区别（表1）。

        4个亚群SSR位点的平均等位基因丰度（Ar）相似（表2），但是SSR之间的变化有所不同。SSR和SNP在等位基因平均均匀度（E）和平均期望杂合度（H_exp）变化很小，但位点之间变化很大。在亚群之间，SSR位点显示出比SNP位点更高的平均观测杂合度（H_obs）。

3、群体遗传结构分析
        两种分子标记在亚群间的F_ST都较低，即便在两个地理位置差别大的种群中也是如此（表3）。

         通过对所有4个亚群的遗传结构分析结果后发现，用SSRs分析的基因簇比SNPs的要多（图2）。SSR结果显示其对数似然比稳定的上升到20个基因簇，但其间几个s.d值较大。而SNP结果在K>3时对数似然比不够稳定。遗传结构结果显示，当K=4时，SSR能够将359MLGs较好的根据地理位置区分开，而当K=3时，基于SNP数据可以将两个地区种群清晰的分开（图2b）。

         两种分子标记的主成分判别分析表明，基于SSR数据的喀尔巴阡山脉地区两个亚群在第二个轴上可以更好区分，而阿尔卑斯山地区重叠的更多。相反，基于SNP数据结果表明，喀尔巴阡山脉地区两个亚群基本重叠，而阿尔卑斯山地区区分的更好（图3）。表明SSR标记似乎更适合检测小空间尺度的真菌种群遗传结构，而SNP标记在检测更适合大尺度范围的遗传结构分析。

 
文章总结：
        对获得的菌株分别用基因组中的17个SSR位点和不同单拷贝保守基因中的24个SNP位点进行分析，这两种标记在不同空间尺度中表现出不同的遗传结构模式，多等位基因SSR标记似乎更适合检测小空间尺度的真菌种群遗传结构（区域半径约50 - 100 km），而SNP标记在检测大尺度范围（区域半径约1000 km）中的真菌种群遗传结构更具优势。尽管存在这些差异，这两种标记类型均适用于检测两种种群遗传结构较弱的蜜环菌。
 
关于天昊：
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