【昊文章】天昊客户叶绿体、线粒体基因组随机测序文章发不停

原创上海天昊生物

动植物细胞器（线粒体、叶绿体）基因组随机测序因其实验设计及取样简单，投入少、发文快，一直以来都是我们的“人气服务项目”。研究者可以围绕自己感兴趣的物种收集材料进行送检。我们会对样本进行总DNA抽提质控，利用高通量测序平台进行随机测序，最后保留线粒体和叶绿体基因组测序数据，进行细胞器基因组特征、基因注释及比较和系统发育树构建等分析，出具项目检测报告。下面介绍几篇我们天昊客户近期发表的相关文章。

发表时间：2021-5-19

题目：The complete mitochondrial genome of Agelasta perplexa Pascoe (Coleoptera: Cerambycidae)

桑拟象天牛完整线粒体基因组

发表期刊：

Mitochondrial DNA B Resources

研究概要：

桑拟象天牛是一种危害植物生长的有害昆虫。本研究揭示了桑拟象天牛完整的线粒体基因组，长度为15,552 bp，分别为39.8% A、12.8% C、8.4% G和39.1% T组成。线粒体基因组GC含量为21.1%，其编码12个蛋白编码基因、22个tRNAs、2个rRNAs和1个AT富集区。该研究有助于进一步深入探讨桑拟象天牛的遗传进化及防控策略。

图1、根据基因组序列构建的桑拟象天牛相关16个物种最大似然进化树。

发表时间：2021-4-9

题目：Mitogenome of Alaudala cheleensis (Passeriformes: Alaudidae) and comparative analyses of Sylvioidea mitogenomes

短趾百灵(燕雀目：云雀科)线粒体基因组特征及与莺总科线粒体基因组的比较分析

发表期刊：

Zootaxa

研究概要：

为了更好地了解莺总科线粒体基因组特征和系统发育关系，对短趾百灵的整个线粒体基因组进行了测序，对18种莺总科物种进行了线粒体基因组比较分析，最后基于线粒体数据集重建了系统发育。短趾百灵线粒体基因组的基因顺序与其他莺总科物种相似，包括cytb-trnT-CR1-trnP-nad6-trnE--remnant CR2-trnF-rrnS的基因重排。线粒体基因组中A+T含量略高于G+C，且存在明显的C偏向。ATG密码子启动所有蛋白质编码基因，而使用六个终止密码子。rrn的二级结构包含3个结构域和47个螺旋，而rrnL包含6个结构域和60个螺旋。除trn外，所有trn均可折叠成经典的三叶草二级结构(AGY)。CR1可分为三个域，包括几个保守盒(C-string，F，E，D，C和B-box，Bird similarity box，CSB1)。莺总科线粒体基因组内的比较分析表明，大多数线粒体特征与短趾百灵线粒体基因组一致。在我们的系统发育分析中，短趾百灵在莺总科中的基础位置与最近的其他研究一致。

图2、基于mtDNA数据集的sylvioid物种系统发育结果。A为ML树，B为BI树。

发表时间：2021-2-13

题目：The complete mitochondrial genome of Arhopalus unicolor (Coleoptera: Cerambycidae)

赤短梗天牛完整线粒体基因组

发表期刊：

Mitochondrial DNA B Resources

研究概要：

在这项研究中，首次对赤短梗天牛的线粒体基因组进行了测序。赤短梗天牛线粒体基因组全长15,760 bp，GC含量为19.0%，包括40.5% A、10.8% C、8.2% G和40.5% T。共有13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA和一个富含AT的区域。系统发育分析表明，赤短梗天牛与椎天牛关系密切。该研究为后续赤短梗天牛的预防提供了有用的遗传信息。

图3、基于基因组序列的赤短梗天牛及其相关的15种鞘翅目昆虫的NJ树。

发表时间：2021-3-11

题目：The complete chloroplast genome of Camellia grijsii, an ornamental shrub with floral aroma

具有花香的观赏灌木长瓣短柱茶的完整叶绿体基因组

发表期刊：

Mitochondrial DNA B Resources

研究概要：

长瓣短柱茶是一种具有花香的观赏灌木，在我国被广泛用于种植和园林绿化。为了获得长瓣短柱茶的遗传信息，我们基于Illumina Hiseq平台对完整的叶绿体基因组进行了测序和组装。叶绿体基因组总长度为161,078 bp，GC含量为37.18%，包含一个大的单拷贝(LSC，84,645 bp)区域，一个小的单拷贝(SSC，15,772 bp)区域和一对反向重复(IRs，30,330 bp)区域。它由81个蛋白质编码基因、4个rRNAs,和43个tRNAs,组成。同时，将长瓣短柱茶的叶绿体基因组与其他山茶属植物进行了比较，结果表明长瓣短柱茶和大苞茶有密切的亲缘关系。本研究提供了长瓣短柱茶的完整叶绿体基因组，对进化分析具有重要的参考价值。